人体解剖及组织胚胎学系是人体解剖学、组织胚胎学的硕士点、博士点。
人体解剖学系建立于北京协和医学院建校之初，美国解剖学及动物学家考德瑞为首任系主任；1921-1934年加拿大解剖学家步达生任系主任，其最为人所知的成就之一是发现了北京人头盖骨；首任中国人（华人）解剖学系主任是张鋆教授，其后历任主任为张炳常教授、万选才教授、严义坪教授。1959年协和医大复校时，由张作干教授任组织学教研室主任，薛社普教授任胚胎学教研室主任，组织学与胚胎学合并后由薛社普教授继续任教研室主任，随后由徐静教授、叶世隽教授接任。90年代解剖与组织胚胎合并成立解剖及组胚学系，主任为许增禄教授，现任主任为马超教授。
张鋆教授（1890～1977），医学教育家，中国现代人体解剖学的开拓先驱。早年留学日本，1921年和1933年两次赴美进修，先后在江西、湖南、上海医学院、协和医科大学解剖系执教近60年。他于1947年发起和参与重建了中国解剖学会，并担任中国解剖学会第四、第五届理事长（1956～1978）；创建了《解剖学报》和《解剖学通讯》；主编了我国第一本解剖学统编教材《人体解剖学》。多年从事人体解剖学研究，在组织学和胚胎学方面也有所建树；还曾致力于医学教育管理，为我国医学和解剖学发展培养了大批人才。
遵循张鋆教授严谨治学的宗旨，本学系培养了一批知名的教学和科研专家，如薛社普院士、张作干、张炳常、俞慧珠、李慧珍、万选才、邵桐荪、徐静、叶世隽、吕金蝉、叶百宽、许增禄、叶惟三、曹承刚等多名专家学者，他们不仅为协和医学院的解剖和组胚教学及科研工作做出了重要的贡献，还活跃在兄弟医学院校及其他相关部门的科研管理岗位。
张作干教授（1906～1969），1932年毕业于燕京大学，先后在燕京大学、齐鲁大学、协和医学院、贵阳医学院任教，1947－1949年留学美国，获哲学博士学位。我国组织化学奠基人之一，长期担任《解剖学报》主编。1950年起始在中国医学科学院从事细胞学和组织学研究，研制了我国第一台恒冷箱切片机，较早地开展组织化学、电镜技术的研究，并举办学习班，为全国培养众多人才；主要研究胚胎发育中组织化学和超微结构变化，首创小鼠胚胎发育实验动物模型，著有《各种因素对骨骼结构发育的影响并论及畸形成因》、《细胞学进展》（1965），译著《胚胎学》（1956）（I. G. Barth著）。
薛社普院士（1917-2017）1942年毕业于前中央大学并任教，1947～1951年留学美国，获哲学博士；1951年起始先后在大连医学院、哈尔滨医学院、北京师范大学、中央卫生研究院、中国医学科学院执教，从事细胞学、胚胎学和生殖生物学研究，1991当选为中国科学院院士。曾任中国解剖学会第八和第九届理事长（1986～1994）；早年研究神经发生，在胚层和生殖腺诱导分化、细胞分化调控、生殖细胞分化调节及药物作用与机制、肿瘤细胞生长分化可逆性调控等方面卓有成就；近年主要从事红细胞分化去核因子（EDDF）基因家族的分子生物学研究。主编《胚胎学与组织学基础》（1960）、《细胞学进展》（1963）、《人体胚胎学图谱》（1965）、《男用节育药棉酚的实验研究》（1983）、《中国医学百科全书：组织学与胚胎学》（1988）及《中国人胚胎发生发育实例图谱》（1992）等。
解剖学教学组承担了医大八年制本科生人体解剖学、神经解剖学和神经科学、护理学院人体生物学I，以及研究生的临床应用解剖学、神经科学、解剖实验与影像分析等课程的教学任务。组胚教学组承担了医大八年制本科生组织胚胎学、护理学院人体生物学I、生长发育，以及研究生的组织化学课程的教学任务。生长发育、组织胚胎学分别是北京市和北京协和医学院精品课程。学系秉承协和的优良传统，在老教授们的“传、帮、带”培养下，青年教师成长起来，逐步成为教学与科研一线的主力，取得了优异的成绩：获得了霍英东教育基金会第十届高等院校青年教师奖、北京协和医学院“协和之友”优秀教师、北京协和医学院优秀教师等荣誉称号，还多次在北京高校青年教师教学基本功比赛获得二、三等奖奖励。青年教师还积极参与教学改革，获得的教学改革项目包括《组织学虚拟切片》及《医本科人体解剖教学模式由二合一向三合一转变的初步探索》。
学系的主要研究方向包括慢性痛与痒觉机理的研究、干细胞分离与应用、细胞外基质生物学、生殖生物学等，目前承担国家自然科学基金研究项目两项。

学系在岗人员：
教　授：马超（学系主任），陈咏梅(学系副主任），钱晓菁 ，顾怀宇
返聘教授：许增禄，曹承刚，谢益宽
客座教授：Lawrence Rizzolo（美国耶鲁大学医学院）
副教授：李文婷 ，刘克， 刘伟 ，仇文颖，申新华
主管技师：王乃利，穆瑞民，徐园园
技术员：张迪